NetCommons3のBaseURLが記述されているファイル

このファイルの4行目に

fullBaseUrl: http://****.jp

という記述があるので、そこを変更すればOK

その後

管理　>　プラグイン管理　>　コアプラグイン　>　Net Commons

をアップデートすれば反映されるみたい(JSのパスが直ってなかったのでやってみたら治った。検証したわけではない)

インストールを動作確認用URLで行った場合や、SSL適用した際に変更するべし。

他のパス情報なども個々にあるので、画像やCSSのディレクトリを変更する時や、

ルートパスを変更する時にもお世話になるかも。